Undang-undang No. 27 tahun 2004 tentang Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi ternyata memiliki beberapa kelemahan sehingga sepantasnya perlu mendapat perhatian khusus demi tercapainya keadilan bagi para korban pelanggaran HAM berat.
Contoh nyata terdapat dalam pasal 24 yang berbunyi:
“Dalam hal komisi telah menerima pengaduan atau laporan pelanggaran hak asasi manusia yang berat yang disertai permohonan untuk mendapatkan kompensasi, restitusi, rehabilitasi, atau amnesti, Komisi wajib memberikan keputusan dalam jangka waktu paling lambat 90 (sembilan puluh) hari terhitung sejak tanggal penerimaan permohonan.”
Bisa dibayangkan hanya dalam waktu sangat singkat tersebut apakah mungkin Komisi dapat menyelesaikan suatu kasus yang berat yang misalnya melibatkan suatu institusi besar? tentunya sangat berat bagi Komisi untuk melakukan penyelidikan hanya dalam waktu yang sangat singkat tersebut.
Kemudian kita bisa melihat juga pada pasal 27 yang berbunyi:
“Kompensasi dan rehabilitasi sebagaimana dimaksud dalam Pasal 19 dapat diberikan apabila permohonan amnesti dikabulkan.“
Nah ini berarti jika pelaku tidak diberikan amnesti baik oleh Presiden dan DPR atau pelaku tidak teridentifikasi atau mungkin tidak dimaafkan oleh korban maka dia tidak mendapat kompensasi dan rehabilitasi sebagaimana dimaksud UU tersebut.
Kemudian kita juga bisa melihat dengan jelas Pasal 21 ayat 1 yang berbunyi:
“Pelaksanaan pemberian kompensasi dan rehabilitasi sebagaimana dimaksud dalam Pasal 19 harus dilaksanakan oleh Pemerintah dalam jangka waktu paling lambat 3 (tiga) tahun terhitung sejak tanggal keputusan Komisi ditetapkan.“
Nah, bisa dibayangkan pemberian kompensasi dan rehabilitasi ini bisa saja ditunda selama tiga tahun dengan sistem perhitungan yang tidak jelas sehingga korban akan semakin menderita.
Terlihat jelas bahwa UU ini membolehkan pelanggar HAM mendapatkan amnesti, padahal seharusnya untuk kategori pelanggaran HAM berat seperti kejahatan terhadap kemanusiaan itu hukumannya sangat berat dan tidak dapat dimaafkan, seperti misalnya kejahatan genocide (pembunuhan terhadap ras manusia tertentu).